Naravne vrednote so poleg redkih, dragocenih ali znamenitih naravnih pojavov (npr. slap, reka, jezero, kraška planota, naravno okno, …) tudi drugi vredni pojavi, sestavine oziroma deli žive ali nežive narave, naravna območja ali deli naravnih območij, ekosistemi, krajina ali oblikovana narava. Taki deli narave vsebujejo posebne vrednostne lastnosti, ki se nanašajo na različne sestavine narave. Glede na to se naravne vrednote opredelijo po zvrsteh.
Naravna vrednota se lahko opredeli z eno ali več zvrstmi, in sicer, če se nanašajo vrednostne lastnosti na:
– dele zemeljske skorje, v njeni notranjosti in na njenem površju s površinsko geomorfološko, podzemeljsko geomorfološko ali geološko zvrstjo,
– tekoče ali stoječe vode s hidrološko zvrstjo,
– ekosisteme z ekosistemsko zvrstjo,
– habitate rastlin in živali prostoživečih vrst z botanično ali zoološko zvrstjo,
– drevesa ali skupine dreves z drevesno zvrstjo,
– dele, ki so umetno oblikovani iz snovnih delov žive narave z zvrstjo oblikovane naravne vrednote,
– dele krajine z zvrstjo krajinske vrednote.
Številne naravne vrednote so zaradi potrebe po dodatnem varstvu in ohranitvi še posebej zavarovane kot naravni rezervati ali naravni spomeniki znotraj območja parka. Skupno je v parku 46 ožjih zavarovanih območij, od tega 3 naravni rezervati in 43 naravnih spomenikov.